新竹科學園區管理局(以下簡稱管理局)著眼於銅鑼科學園區之永續發展之遠景，致力於落實環境保護工作，自民國九十六年園區開發時即已著手規劃設置雨、污水分流之下水道系統及聯合污水處理廠第一期設施，其後，新竹科學園區銅鑼科學園區「污水處理廠」(以下簡稱銅鑼園區污水廠)於民國一百三年啟用，處理容量達一萬兩千(噸/日)；此外，日後視廢污水量之成長量，決定是否增建銅鑼園區污水廠第二期設施，合計總處理容量提升至一萬八千(噸/日)。

       目前園區內所產生的事業廢水及生活污水均經污水下水道收集匯入銅鑼園區污水廠妥善處理，處理後之放流水水質(生化需氧量BOD₅為2-4.5mg/L，化學需氧量COD為3.2-16.9mg/L，懸浮固體物SS為<2.5mg/L，導電度426-650μmho/cm，總氮1.1-4.7mg/L，以上皆為月平均值)均優於國家放流水標準(BOD₅為25mg/L，COD為80mg/L，SS為25mg/L)及銅鑼園區之環評承諾值(BOD₅為10mg/L，COD為40mg/L，SS為5mg/L，導電度750μmho/cm，總氮6mg/L)。此外，管理局採以水量與水質為下水道使用費的收費項目，並以分級累進加重及優惠折扣收費方式，鼓勵事業單位減量、減廢，以降低污染物排放量，顯示管理局對於「珍惜資源」的重視。